什么是病？什么是药？病，即是由于不调和所起的现象。如佛经中说：“一大不调，百一病生。”人的身体，某一部分不调和，即会有病，更会影响到全身的不调和。心的不调也是这样，我们心理若是有了反常现象，或是有了某种烦恼，便会牵连至全部精神的不安。有病即有苦，所以种种灾难、种种苦痛，无一不是导源于冲突不和而产生的病态。众生有病，便需治之以药。世间的医药以及政治法律等，都可说是药；但在佛法中，药就是佛法—法药。唯有佛法方能疗治一切疾病。病有身心、家庭、团体、国家、世界等不同病态；凡能够减除苦痛，使苦痛变成安乐的，都是药，因此可说世间什么都是药，处处都有药。问题在用药的人是否理解药性，会不会应病与药。佛法是不定法，众生有种种病，佛就用种种法药去对治，因为佛法是依众生的病而施设的，所以说众生有八万四千烦恼，佛说八万四千法门，有了什么病，就治以什么药。药师，本可为一切佛的通称，佛都是善治众生病的。佛体察众生的种种病情，能施设运用种种法药：有人天法药、小乘法药，以及自利利他的菩萨法药等。就这个意义上来说，一切诸佛都是无上医王，都是大药师。不过东方净土的如来，特别重视消灾免难，特重于治理众生身病，所以特以药师为名。

所谓琉璃光，也是药师佛的名字。此中所说的琉璃，是梵语薜琉璃的略译，是一种宝物。颜色如万里无云的碧空，又如澄清深澈的海水，体质坚固，如金刚石，为极稀有的珍宝。这是以琉璃宝的光辉、明净来比喻佛德，所以东方药师佛，又以琉璃光为名。佛与菩萨，皆是依德立名。但佛德崇高，没有完美适当的，所以只能从佛（自利或利他）德的某特性，或用譬喻来勉强诠释。琉璃光的含义，略有两点：

首先，依众生的心境说。本经以东方佛土为净琉璃世界，佛名琉璃光如来。辅佛宣扬正法的，是日光遍照和月光遍照二菩萨，同样是以名喻德，比喻二菩萨度化众生如日月行空，普照一切。众生—人类在生死轮回的过程中，都有一种向上向光明的趣向和要求，佛陀随应众生的心境，也就以明净的青天与日月，表征如来的德性。世间的光明，无过于日光和月光。此二种光明，同是清净的，象征希望与幸福。日光是温暖、富有热情的，一切在日光朗照下，都能明显地发露出来。这喻如智慧的光明，能给予世间以热力，能透过蒙昧，灼照一切，通达世间法与出世法的真相。月光是清凉、安宁、幽静的，在黑夜中放出皎洁清辉，引导人们走上正路，避诸险难，具有大悲慈济的意义。光和热，能够激发人们奋发向上；清凉与宁静，足以陶冶我们的性灵，获得自在与安定—这都是人生所必须的。可见，向上向光明的趣求，是人类普遍的本能和共同的希望，因此药师法门，即以青天与日月的光明，表征佛菩萨的功德，显示人类最高的理想界。

其次，依佛陀的证境说：琉璃光，即佛的自觉境界，以如如智契如如理，在平等一法界中，显发无边光明（清净功德），朗耀皎洁，平等无差别，不是混混沌沌漆黑一团，故喻佛的自证境为琉璃光。佛果的圆满境界，不可思议，不可言说，所以经中每以菩萨的因德，表达如来的果德。如毗卢遮那佛（也是光明遍照意），以文殊、普贤二大士，表彰佛陀的大智与大行。或以四大菩萨，表彰佛的悲（观音）、智（文殊）、行（普贤）、愿（地藏）。本经以日光遍照、月光遍照二菩萨，表彰药师佛的大智慧（日）与大慈悲（月），如日月光辉遍照世间，普济一切。如来所有的无量无边功德，在这两大菩萨的德性中，充分地表现出来。

药师信仰与药师法门是基于《药师经》中所叙述的药师佛的本愿功德（包括十二大愿）而建立佛教修行法门。

所谓本愿功德，愿是愿欲，本愿即菩萨在修行时期所发下的誓愿，将来成佛道时成就什么样的净土。“本”的涵义是因，有因必有果，有果必有因，对于佛果而言，菩萨的阶位称为因地，或称因位。“本”还有根的涵义。菩萨心胸广大，誓愿无量，但以此愿为根本，故曰本愿。本愿的特点不是今世发愿今世成就，而是经过生生世世的修行才能实现的愿望。一般来说，本愿又分总愿与别愿两种。总愿是一切佛、菩萨共同的本愿，即四弘誓愿：众生无边誓愿度，烦恼无尽誓愿断，法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成。此四弘誓愿是菩萨所立，凡是大乘行者皆宜牢记和实践，可以简单概括为“上求菩提、下化众生”两句，是大乘佛教的根本精神。所谓别愿，即佛、菩萨由各自之意乐所立之誓愿。如阿弥陀佛有异于他佛之四十八愿，药师佛亦有十二愿。

本愿思想来源于佛菩萨的本生故事。在较早传译至中国的般若类经典，如《道行般若》与《放光般若》中，便出现了本愿思想的萌芽。在本生故事中，主要宣扬菩萨修行佛法，难行能行、难忍能忍，以至于能够舍身布施。在般若类经典中，菩萨修行六波罗蜜，为的是征服内心的私欲，解脱一切痛苦与恐怖，同时由此功德立愿，在将来所建设的净土中，从一开始就没有痛苦、怖畏与不如意。这样一个国土，没有禽兽、盗贼，饮食充足随意，人民健康无病，没有嗔恚、愚痴，人人奉行十善、修学佛法。本愿所描绘的内容，便是一个安全、慈善、富足、洁净的净土蓝图。

随着总愿性质的本愿的产生，别愿性质的本愿纷纷出现。如阿弥陀佛的四十八愿、阿佛的二十愿、弥勒菩萨的奉行十善愿，以及文殊、普贤、观音、地藏等大菩萨所发的不同誓愿，不胜枚举。其中，药师佛的十二大愿是其中别具一格、内容丰富，影响较大的本愿信仰之一。药师佛的十二大愿分别是：

第一大愿：愿我来世，得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明，炽然照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形，庄严其身，令一切有情，如我无异。

第二大愿：愿我来世，得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。

第三大愿：愿我来世，得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。

第四大愿：愿我来世，得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之。

第五大愿：愿我来世，得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒，设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。

第六大愿：愿我来世，得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑痖，挛躄背偻，白癞颠狂，种种病苦，闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。