方腊首先攻陷睦州，杀死官兵一千多人。此役令官兵丧胆，附近的寿昌、分水、桐庐、遂安等县也纷纷被义军所攻克。参加起义军的都是下层民众，对鱼肉百姓的官吏十分痛恨，每当抓到政府官员时，必以酷刑处死，或将其肢解，或挖肠掏肺，或乱箭射死，让这些官员受尽苦楚而死，以此来发泄心中的怨气。但是对于某些清官，起义军还是另眼相看的。比如说休宁知县麹嗣复被俘后，来自休宁县的义军将领对他说：“公身为县令，有善政，前后官员中，没有一人比得上你的，我岂忍心杀害你呢？”遂将其释放。可见官员是好是坏，人心自有公论。

我们说过，宋朝军事制度是“强干弱枝”，精兵集中于中央禁军，地方部队战斗力并不高。面对来势汹汹的方腊义军，地方政府军完全溃败。继睦州沦陷后，歙州也被义军攻占，宋将郭师中战死。婺源、绩溪、祁门、黟县等官吏一箭未发，弃城而逃。起义军一鼓作气又进攻富阳、新城，提出“杀朱勔”的口号，民众纷纷响应。朱勔是徽宗时代的奸臣之一，因花石纲而臭名昭著。起义军进军神速，如入无人之境，轻而易举攻下杭州，东南为之震动。杭州是后来南宋的首都，重要性可见一斑，可是居然连像样的抵抗也没有。

宋徽宗开始坐卧不安了，倘若不及时出动精锐部队镇压起义军，后果不堪设想。为了对付方腊，大宋帝国把血本都押上去了。皇帝任命谭稹为两浙制置使，童贯为宣抚使，率领中央禁军及秦晋蕃汉兵共计十五万人，杀向浙江。帝国最精锐的部队，除了中央禁军外，就是陕西、山西一带防备西夏、契丹的驻军，主力都调去讨伐方腊军了。

冬去春来，时间已是宣和三年（1121）。

童贯兵分两路，一路向杭州，一路向歙州，打算得手后会师于起义的发源地睦州，彻底铲除农民军。

在童贯领兵出征时，宋徽宗给了他很大的权限：“如有急，即以御笔行之。”就是说，倘若有必要，童贯可以直接发布皇帝旨令，而不必事先征得皇帝同意。话说这个童贯虽然是个小人，但脑袋瓜还是比较灵的。他到了吴地，就发现问题出在哪儿了——百姓造反，都是造作局、花石纲这些苛政惹的祸。如果不从根子上铲除苛政，根本无法平息民众的不满情绪。

我们不要小看这个太监，他颇有当机立断的本领，立即下令其下属代皇帝写了一份“罪己诏”，代表皇帝向大家说声对不起，寡人有过错。然后，他又以最快的速度罢除苏杭造作局与花石纲。与此同时，宋徽宗为了自保，也不得不采取某些平民怨的措施，罢免了朱勔父子以及其家族其他当官的成员。在伟大的农民起义运动面前，大宋朝廷做出了必要的让步，这个做法是相当明智的。

在朝廷调兵遣将之际，方腊军又攻占婺州、衢州、处州，总共占据六州五十二县之地。但是方腊毕竟没有经过专门的军事训练，作战太分散了，未能集中力量对付官兵。很快，官兵乘方腊攻陷处州之际，收复杭州。这时方腊回师再攻杭州，可是敌人的力量已是今非昔比，方腊在杭州城外被击败了。

大宋军队在对外战争中表现不佳，但在对付方腊手下这些散兵游勇则绰绰有余。十几万大军节节进逼，连续收复衢州、婺州。对方腊来说，此时的局势已经完全逆转了。起义军不得不退守睦州，宋朝官兵从杭州发兵，在桐庐之战中挫败义军的反扑，占领睦州，并攻陷青溪县。当初起义是从帮源洞开始的，现在还要在这里终结。

方腊的部队在短短的三个月时间里，被打得溃不成军，只得回到老巢帮源洞。这时义军还有二十万之众，被围困在山区之中。帮源洞一带山高林密，地形复杂，义军据险而守，与官兵打游击。来自中央及边疆的官兵对地形不熟悉，找不到一条大军可以开进的路，故而久攻不下。在这个时候，有一个宋军将领打开局面。这名将领此时还是个小人物，只是一名裨将，但日后却成为一代名将，他就是韩世忠。

韩世忠是怎么找到路的呢？他率领一支小分队，沿着溪谷潜行，在半路上时，遇到了一个山村匹妇，向她打听山路。在得知秘密通道后，他立即悄悄潜入，突袭方腊的指挥部，竟然侥幸得手，杀数十人，擒方腊。在方腊被擒后，义军群龙无首，终无法突围，遭到官军的血洗，共有七万人死难。

方腊从起义到失败，只有短短的半年时间。时间不长，地域也不算广阔，死于战乱的人口却高达两百万以上，可谓是一场残酷的战争。与方腊起义几乎同时发生的，还有以宋江为首的梁山泊英雄好汉的武装起义，这场起义尽管规模远不如前者，却因为《水浒传》一书而名扬天下，成为中国妇孺皆知的一段英雄传奇。

事实上，宋江起义在正史上的记载十分简略。正是因为简略，反倒给人予无尽的遐想，故而在民间广泛流传着梁山泊英雄的传奇故事，而且说得活灵活现，特别是《水浒传》这部小说问世后，梁山泊英雄更是无人不知无人不晓了。

根据宋代的一些笔记资料，《水浒传》中的一些重要人物，在历史上都确有其人，而且也有相应的浑号。比如大家所熟悉的呼保义宋江、智多星吴用、玉麒麟卢俊义、浪子燕青、花和尚鲁智深、行者武松、黑旋风李逵、青面兽杨志等，都是真实人物。小说虽是文学作品，但也包含基本史实，更重要的是，民间传说实际上写出民众的心声。正如小说所述，起义的原因乃是“官逼民反”，属于革命无罪、造反有理，起义军打出的旗号是“替天行道”，这些都可视为平民百姓对起义军的无限同情以及对腐败官府的深切痛恨。